１幕

幕末の日本、タミーノこと旗本の若様、田宮太郎信成（１９歳）が戊辰戦争に参加します。赴いた会津の母成峠で敗走し、官軍である薩摩の軍兵に追われています。
そこに夜の女王の侍女たちが現れ、薩摩兵を退治して旗本の若様を女王の国に転生させます。

気絶して倒れているタミーノを見てその美しさに侍女たちは魅了され女王に誰が知らせにいくかで揉めますが結局３人で知らせに行くことになります。

そこに陽気な鳥刺しのパパゲーノが登場。「俺はここでは人気者。笛を吹けば鳥たちはみんな俺のもの」と歌います。
気絶から覚めたタミーノとかみ合わない会話を交わしているとそこに侍女たちが現れタミーノにあなたを助けたのは私たちですと告げます。

敵方を倒したと嘘をついたパパゲーノは口を錠前で閉じられてしまいます。
侍女とパパゲーノが退場し一人残ったタミーノは侍女から渡されたパミーナの絵姿を見てその美しさにときめき「これを恋というのだろうか？彼女が自分の前に現れてくれたら抱きしめて永遠に結ばれるのだ」と歌います。

侍女たちが戻りタミーノにパミーナは誘拐されザラストロの城にとらわれていると告げます。そこに夜の女王が現れ「あなたこそ娘を助け出すことが出来る。助けてくれたら娘は永遠にあなたのもの」と歌い退場します。

口に錠前をつけたパパゲーノが現れ侍女が錠前を外してやり魔法の笛をタミーノにジングシュピールをパパゲーノに渡し道案内は子供たちがすると教えザラストロの城へ行かせます。（このプロダクションでは子供は女神）

場面は変わりザラストロの城の中庭。
奴隷たちが仕事をさぼって噂話の最中です。そこに逃げようとしたパミーナを捕らえたモノスタトスが入ってきますが城を偵察中のパパゲーノと遭遇し驚いて逃げてしまいます。

パミーナはパパゲーノから自分を救いにタミーノが来ていることを告げられ喜んで「愛があるから毎日が生気にあふれています。」とパパゲーノと一緒に歌います。

一方、タミーノは女神たちに案内されて叡智の神殿にやってきます。ここで弁者にザラストロは悪者ではなくパミーナを手元に置くのは訳があると告げられます。
舞台の外からパミーナは健在と告げられ勇躍してはぐれたパパゲーノを探しに行くことにします。
決意を秘めて笛を吹きだすとその音色に動物たちがおとなしく聞き入っています。

パパゲーノとパミーナは城の中を逃げていますが運悪くモノスタトスと奴隷たちに遭遇してしまいます。しかしパパゲーノがグロッケンシュピールを鳴らすと陽気に踊り出し消えてしまいます。

そこに狩りから帰ってきたザラストロが群集の歓呼に迎えられ登場します。
パミーナは逃げたことをザラストロに告白します。ザラストロは理解を示して許します。
タミーノを捕らえたモノスタトスが現れ褒美を要求します。タミーノとパミーナは初めて会い、「この人だ！」と胸が騒ぎます。
ザラストロはモノスタトスに褒美の代わりに罰を与え護衛の武士に連れ出させます。
タミーノには試練を受けるようにと告げパパゲーノとともに試練の場へ神官に連れて行かせます。

２幕

ザラストロの神殿で神官がタミーノの扱いについて会議をしています。
一方、タミーノとパパゲーノは神官たちと神殿の地下に居ます。神官たちは悪だくみから身を守れないと死と絶望がお前たちを襲うと警告して退場します。
そこに夜の女王の侍女たちが現れ「お前たちは助からない、女王のもとに戻るように」と説得します。
タミーノはそれを斥けさらに試練の道を歩みます。

場面は変わり、ザラストロの城の中庭です。
寝ているパミーナのそばでモノスタトスがパミーナへの熱い想いを語っています。そこに夜の女王が現れこれまでのザラストロとのいきさつをパミーナに話して短剣を渡しザラストロを殺すように命じます。
パミーナの心はタミーノへの思いと母への義務に引き裂かれます。モノスタトスが現れ言い寄りますがそこにザラストロが現れモノスタトスを追い払い心理を説きます。

タミーノとパパゲーノは地下に居ます。パパゲーノはそこで一人の老婆と出会います。
女神が現れ取り上げられた魔法の笛とグロッケンシュピールを二人に返します。
パミーナが現れ口をきこうとせず自分を避けるタミーノに絶望して「愛の幸せは永遠に消えました」と歌い悲しげに退場します。

地上の神殿では神官たちが、タミーノがその勇気と清廉さでいずれ我々のもとに来るだろうと歌っています。
そこにタミーノ、パミーナが連れてこられザラストロの前で再会します。
タミーノはパミーナに自分を信じて待つようにと告げます。
パパゲーノはまだ場内をさまよっています。そこに神官が現れお前も罪を許されたと告げワインを渡します。
ワインを飲み「ここに彼女が一人いてくれたらいいな」と歌うとまた先程の老婆が現れます。
それが美しい娘に変わりますが神官に連れ去られてしまいます。

一方、パミーナは母の思惑とタミーノへの愛に挟まれ苦悩して短刀を手にさまよっています。
そこに女神が現れタミーノがあなたを思う気持ちに変わりがないと告げタミーノのもとに一緒に行きましょうと誘います。

タミーノは武士に試練の場に案内されます。そこにパミーナも現れ火と水の試練を受けますが互いの信頼と協力で打ち勝ちます。
パパゲーノも自分の前に一旦現れた娘が連れ去られたことで絶望して死を決意しますが女神がパパゲーナを連れて来て歓び一緒に楽しい家族を作ろうと誓います。

モノスタトスの案内で夜の女王一行が城に侵入してきますが撃退されます。
最後はタミーノとパミーナがザラストロの国の後継者として民衆に紹介され大団円を迎えます。